El Rectorado es el órgano ejecutivo que representa al IFSP, y es responsable de la administración, coordinación y supervisión de todas las actividades de la autarquía. Para el ejercicio de sus actividades, el Rector cuenta con el Decano, los Pro-Rectores de Educación, Extensión, Investigación e Innovación, Administración y Desarrollo Institucional además de las Juntas, Auditoría Interna y la Fiscalía Federal.


La sede de la administración se encuentra en Rua Pedro Vicente, 625, Canindé - São Paulo / SP.